La fondation du couvent de Saint-François de Saint-Jacques remonte au pèlerinage de Saint-François d'Assise en 1214 sur la tombe de l'apôtre Saint-Jacques. À la demande de saint François, Cotolay (un pauvre charbonnier) a fondé le couvent, réalisant ainsi le souhait du saint. Le mausolée de Cotolay se trouve à l'entrée principale et devant celui-ci, une grande dalle de pierre explique l'origine de cette fondation. Le couvent a été construit à l'extérieur des murs de la ville, appelé "Val del Infierno", qui a ensuite changé de nom pour devenir "Val de Deus" avec l'arrivée des frères. Bien que le bâtiment actuel date du XVIIIe siècle, les arcs gothiques originaux de la fin du XIIIe siècle sont encore conservés. Les fenêtres archéologiques à l'entrée du couvent montrent les vestiges de l'église originale du XIIIe siècle. Le couvent de San Francisco de Santiago est le siège de la province franciscaine de Santiago, qui comprend la Galice, les Asturies, León, Zamora, Salamanque, Palencia et Valladolid, la "garde" du Venezuela et la "délégation" de Tanger. Les frères franciscains continuent à vivre dans le couvent, leur maison, en développant différentes activités, à l'intérieur et à l'extérieur du couvent, telles que des activités évangéliques, pastorales, sociales, pédagogiques et culturelles, entre autres.
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1209 : Fondation de l'Ordre Franciscain. 1214 : Pèlerinage de Saint-François à Saint-Jacques-de-Compostelle. 1520 : Célébration des Cortes de Castille, dans la salle capitulaire du couvent de San Francisco (aujourd'hui l'auditorium Carlos V), présidée par l'empereur Charles Quint. 1613 : Construction du cloître de la Fontaine (connu sous le nom de cloître de la procession), après la démolition du cloître original de style gothique. 1679 : Construction de l'escalier principal du couvent. 1719 : Construction de la salle "De Profundis" (restaurant). Les frères s'y rassemblent avant d'entrer dans le réfectoire, en chantant le psaume "De Profundis". 1730 : Construction de la salle à manger monumentale (ancien réfectoire du couvent). 1787 : Achèvement de la construction de l'église actuelle de San Francisco. 1798 : Mausolée de Cotolay, fondateur du premier couvent, à l'entrée du couvent. 1836 : Exclaustration de Mendizábal. Le couvent de San Francisco a été exclu et exproprié. 1.854 : Les frères García Pan, deux grands bienfaiteurs de la communauté franciscaine, achètent le couvent et son église et le rendent aux frères des années plus tard. 1862 : Transfert au couvent de San Francisco de Santiago de Compostela du collège des Missionnaires pour la Terre Sainte et le Maroc. Il y a une inscription sur la façade du couvent. 1912 : Construction de l'atrium original du Patio de Cristal, avec une charpente en fer forgé. Une partie de ce travail a été réalisée dans les ateliers de Gustave Eiffel. 1928 : Monument à Saint François. Œuvre de Francisco Asorey, située dans le Campillo de San Francisco (commémoration du 7e centenaire de la mort de saint François). 1970 : Ouverture de la résidence universitaire Hogar San Francisco. 1984 : Auberge "Hogar San Francisco". Combine son activité avec la résidence universitaire. 1992 : Fermeture de la résidence universitaire. L'Hostal Hogar San Francisco poursuit son activité. 1993 : Musée de Terre Sainte. Il ouvre ses portes au public. 2000 : Réaménagement complet de ses installations jusqu'en 2005, en les adaptant aux normes de qualité d'un hôtel 4 étoiles. 2005 : L'hôtel San Francisco Monumento est inauguré en octobre.
Il est situé dans la partie supérieure du cloître de la Fontaine et on y accède de l'église de San Francisco. Il a ouvert ses portes au public en 1993. Il propose un voyage dans le temps, du paléolithique au XXe siècle, en montrant les lieux où Jésus de Nazareth a vécu. Des vestiges archéologiques provenant des fouilles franciscaines, des sculptures en bois d'olivier et en nacre à thèmes bibliques, des pièces de monnaie, des objets en or et en argent et des ornements des trois religions monothéistes présentes à Jérusalem (chrétienne, musulmane et juive) font partie de cette exposition unique. La pièce la plus emblématique du musée de Terre Sainte est la maquette de la basilique du Saint-Sépulcre. Elle a été réalisée par Fray Bartolomé de las Heras en 1950. Il s'agit d'une merveilleuse réplique en bois d'olivier de l'édifice sacré, qui montre également l'intérieur du bâtiment en détail.
En 1971, le Centro Cultural y Social Albergue Juan XXIII a été inauguré, à l'initiative de Fray José Antonio Peteiro Freire. Depuis lors, l'auberge accueille des sans-abri de la ville. En plus de leur offrir un lit pour dormir, d'autres besoins sont pris en charge tout au long de la journée avec l'aide de bénévoles. La communauté franciscaine n'a jamais cessé ce grand travail social et son engagement envers les plus démunis est encore très présent aujourd'hui.